（1）户籍制度和市场经济的发展要求不相适应。在我国现行的户籍制度下，对人口的迁徙进行限制，人为的划分城市和农村两个人力资源市场，从而使得价格调整人力资源配置方面的作用弱化，降低了经济的效率。人口不能自由流动，实际上是提高了劳动力的使用成本
（2）从结构优化的角度看，户籍制度限制人口自由流动也不利于产业结构的升级。现行的户籍管理制度限制了劳动力的自由流动。产业结构的优化需要打破现有的户籍制度，实现人力资源的自由流动。
（3）现行的户籍制度不利于增加农民的收入。我国目前的户籍制度，强化了城里人和乡村人的身份等级色彩。这种限制不仅不是市场化改革的任何制度创新，而只能是户籍制度和就业体制改革进程的一种倒退。
（4）对城乡区别对待，实行不同的福利待遇。很多的福利待遇往往是只是针对城里人的，相对贫困的农民却被排除了在了福利保障之外。

原因：

我国的户籍制度并不仅仅是一个简单的登记制度，它承担着一些其他的社会功能：区分了城乡户口的差别、对人口的流动，尤其是农村到城市、小城市到大城市的人口流动进行限制、和不同的户口类别相对应，有不同的福利标准。正是户籍制度的这些附加功能使得户籍制度现代经济的发展越来越越不相适应。

对策：

当前户籍管理制度中存在的问题，具体来看要注意四个方面的问题：
（1）户籍和社会待遇脱钩。户籍彻底和社会待遇脱钩，恢复户籍的本来面目，消除户籍所引起的社会公平问题，促进城市化的发展。
（2）集中人口管理权，成立统一的管理部门，减少人口管理的杂乱无章、政出多门的情况。加强人口统计，统一协调管理人口的自然变动、机械变动和社会变动。
（3）实行统一的户口，取消城乡的户口差别，取消户籍的区域歧视，解决“人户分离”的问题。
（4）逐步降低人口迁移的门槛，实现人口的自由流动。