如果在诉讼期间发生企业终止，即清算法人也消失了的情形，则应视具体情况而定。（一）如果还在一审期间，法院可通知原告更换主管部门为被告。原告同意更换后，则法院继续审理。法院允许原告更换，是尊重当事人的诉愿和处分权，也是法院尊从两便原则的体现。（二）如果已在二审期间，法院则应告知原告撤回起诉，另行以企业主管部门为被告提起诉讼。如果原告不撤回，法院应驳回起诉。这是因为，企业的主管部门与劳动者之间的争议与企业与劳动者之间的争议已发生了性质上的变化（其理由见下文）。若直接更换主管部门为被告，将使被告丧失上诉的权利，违背了二审终审的法律制度。
二、关于仲裁前置
《劳动法》和《民事诉讼法》规定，劳动争议仲裁是劳动争议案件进入诉讼的前置程序。就企业破产过程中劳动争议案件的处理，因为主体发生变化，原告重新起诉，那么，是否还应以劳动仲裁为前置程序。比如上述案例中，劳动者以清算组为被仲裁对象，申请劳动仲裁，仲裁机关作出不予受理通知后，劳动者向法院起诉。在审理期间，清算组解散，原告撤回起诉，重新起诉企业主管部门，那么，劳动者是否应重新以企业主管部门为仲裁对象，再次向仲裁机关申请仲裁，待仲裁委员会作出裁定、决定或通知后，方能向人民法院起诉？或者，就将原仲裁裁决算作劳动者起诉企业主管部门的前置条件？
笔者认为，不管主体发生何种变化，均无需再次进行劳动争议仲裁。理由是：
（一）仲裁机关以劳动者与企业为主体作出仲裁裁决，进入诉讼阶段，如果主体转变为清算组，该裁决仍可作为诉讼的前置条件。因为如前所述，企业解散后其法人资格并未消灭，企业法人解散至终止前，在性质上应为清算法人。清算法人与原企业法人在本质上是同一的，即由于企业法人因解散其权利能力和行为能力受到限制，故以清算法人这一特定的形态代替原企业法人行使权利，除了能力有所缩小外，其他与原企业法人无二，两者系同一人格。只不过此时的清算法人是法律上为了某种需要而拟制的法人而已。[7]而且，劳动者与原企业发生的劳动争议的事实依然如故，并未因清算组的产生而有所变化，再行仲裁根本没有必要。故无论劳动者以原企业或清算组为仲裁对象或诉讼被告，从本质上说是一样的。这也是企业破产后，经原告申请法院可直接将清算法人变更为被告的理由。
（二）如果清算组解散后，劳动者以原企业主管部门为被告提起诉讼，严格意义上讲，已不属于劳动争议案件，无需以仲裁为前置条件。首先，主管部门不是劳动法所规定的用人单位。用人单位只能是原企业。劳动争议的主体也只是劳动者与原企业。故清算组解散后，企业法人终止，劳动争议的一方主体业已消灭，无法提起劳动争议仲裁。仲裁前置已不可能。其次，根据企业法人制度理论，企业法人一经合法产生，就具有独立法人资格，拥有独立财产，对于民事活动就应以其财产独立承担民事责任。在企业法人解散的情况下，原则上应由解散企业法人独立承担民事责任。这当然包括劳动争议纠纷中应当由其承担的民事责任。第三、主管部门如果作为解散企业法人的清算义务人，在企业法人解散时负有的基本民事责任为清算责任，即对解散企业法人的债权债务进行清算的责任。只有在以下几种情况下才能追及到作为清算义务人的主管部门的民事责任：1、基于清算义务人的作为和不作为的侵权行为直接导致的其对债权人所应承担的民事责任。2、作为清算义务人对解散企业法人未了的债务承诺承担责任。3、基于投资不足产生的民事责任。[8]可见，主管部门承担的责任，并非是侵害劳动者合法权益应当承担的责任。劳动争议中应当由原企业承担的责任，如果追及到企业主管部门，只能在上述情况存在时，才能由主管部门在一定范围内承担相应的责任。
综上所述，劳动者与原企业发生劳动争议，在企业终止后，劳动者因原企业侵害其合法权益应负的民事责任，如果追及到主管部门，已不属于严格意义上的劳动争议纠纷，而应当作为一般的损害赔偿纠纷处理。故无需进行劳动仲裁便可以直接起诉主管部门。