2、刑事单一化、审判单一化与有力保障未成年人合法权益之间矛盾
（1）刑事单一化
刑事单一化是指少年司法制度尤其是审判制度主要与未成年人犯罪及相关刑事处罚联系在一起，忽略了未成年人其他合法权益的保障；少年法庭绝大多数都只是少年刑事案件审判（合议）庭，主要受理未成年人刑事犯罪案件。虽然学者们在论述我国少年司法制度时大都不忘强调少年司法制度本质上而言应该是保护性、预防性的，而非惩罚性或镇压性的。但是，这更多的是从少年司法制度的应然性上讲的。不容否定的是我国少年司法制度的起步与“文革”后青少年犯罪成为一个突出的社会问题密切相关，在当时的历史背景下，出于遏制青少年违法犯罪的意图而创设少年司法制度是很明显的。既然少年司法制度的基本理念是保护未成年人，但是普通刑事司法制度的直接职能却是重在惩罚——刑事单一化的少年司法制度如何来实现保护未成年人的目的？
《未成年人保护法》和《预防未成年人犯罪法》对未成年人的保护提出了较高的要求，以现有少年司法制度落实《未成年人保护法》与《预防未成年人犯罪法》所提出的保护未成年人的要求是很困难的。现有少年司法制度对未成年人民事、行政、治安方面的合法权益明显保护不力。譬如，劳动教养和工读学校是目前矫治有严重不良行为未成年人的重要途径，但是由于审批决定权在行政部门，法院不能介入，其结果是这些未成年人的权益遭受侵犯难以避免，也难以得到司法保护与救济。在国际社会普遍提倡对未成年人合法权益进行全面保护、注重未成年人犯罪预防和我国独生子女比重日益提高的背景下，仅以未成年人刑事案件为审理对象的少年法庭制度，已不相适宜。有些地方的少年综合庭尝试将一部分未成年人抚养、监护、伤害类案件归并管辖，但由于立法根据、实践经验不足，大都最终流于形式，或者流产。
有些同志认为，我国刑事单一化的少年司法制度正好避免了美国、英国等国家曾经出现过对少年过度司法干预而适得其反的经验教训，是科学的，因而反对扩大我国少年司法的干预度。这种观点值得商榷。笔者以为，我国少年司法制度起步较晚，现在所面临的主要和最大问题是司法干预太少以致无法有力保障未成年人合法权益，而并非司法干预过度的问题。旁观他人噎而废己食，实不足取。
（2）审判单一化
少年司法制度可以从广义和狭义两个方面来理解。狭义的少年司法制度仅指少年案件（主要是少年刑事案件）审判制度。广义的少年司法制度不仅指少年审判制度，还包括少年警察制度、少年检察制度、少年监狱制度、少年律师制度、少年调解制度、少年仲裁制度和少年公证制度等等。纵观各国少年司法制度的发展历程，大都经历了一个由狭义少年司法制度向广义少年司法制度过渡发展的过程。虽然存在对广义少年司法制度范围理解上的差异，但有一点已为大多数国家所认同——少年司法制度至少应包括一种对少年刑事被告人羁押、预审、起诉、审判、辩护、管教“一条龙”的工作体系。而我国在这一点上尚存在差距，除上海等少数几个少年司法制度发展较快、相对成熟的省市外，大多数省市少年司法制度刑事审判单一化，没有形成与少年法庭配套成龙的少年警察、少年检察、少年辩护等制度，少年司法制度的整体优势无法形成和体现。譬如许多国家都有专业性的少年警察，他们不是单纯地制止和打击少年违法犯罪，另有一项重要任务是帮助、保护少年。要实现有力保障未成年人合法权益的目的，这种审判单一化（刑事审判单一化）的现象急需改变。
3、少年审判人员职责范围与现有法官评价体系、法官职能之间的矛盾
北京市高院丁凤春同志曾经对少年法庭审判人员是否安心工作的问题作过深入调查，结果发现：热爱少年法庭工作的人大有人在，安心少年法庭工作的人却寥寥无几。①实践中，这是一种并非个别而是较为普遍的现象。其主要原因除了他所指出的当前少年法庭这种组织形式不稳定和有些领导不能正视少年法庭工作外，笔者以为更重要的原因还在于少年案件审判人员、职责范围与现有法官评价体系、法官职能之间的矛盾上。现代司法制度要求法官独立，居中裁判，保持一种“超然”的姿态，而少年司法制度却要求法官积极主动的参与少年审判，表现为法官还需要承担对少年犯罪嫌疑人、被告人或少年犯的调查、教育、帮教回访等职能。如社会调查制度、寓教于审原则、庭审前后延伸工作等，实践中有些少年法庭法官甚至还要为回归社会的失足少年解决就业、升学等困难。少年法官职能的扩大化也正是少年司法的特殊性所在，但这种特殊性却并没有得到相关配套制度与措施的保障。现有法官评价体系、对法官职能的界定还是一种以成人模式为主导的司法制度下的法官评价体系和对法官职能的界定方式。少年法官所付出的成效显著的辛勤劳动不但得不到肯定，反而受到是否超出法官职责范围的质疑。人民法院现行的目标管理制度用以评价少年法庭审判人员显然不尽合理，而这已经影响到少年审判工作的发展。少年司法制度迫切需要突破寄身于成人司法模式下的格局，显现其特殊性与独立性。