2002年3月26日，最高人民法院、最高人民检察院发布《关于执行〈中华人民共和国刑法〉确定罪名的补充规定》，一举解决了检法两家在罪名总数和部分罪名名称认定上的分歧。《补充规定》正式确认：刑法第397条为两个罪名，滥用职权罪和玩忽职守罪，取消国家机关工作人员徇私舞弊罪；第399条第1款为徇私枉法罪，取消枉法追诉、裁判罪；第399条第2款为民事、行政枉法裁判罪，取消枉法裁判罪；第406条为国家机关工作人员签订、履行合同失职被骗罪，取消国家机关工作人员签订、履行合同失职罪[6]。《补充规定》的发布，使刑法实施以来检法两家在罪名总数和部分罪名认定上存在的分歧，在4年多后终于获得完满解决。
二、《补充规定》的发布，解决了全国人大常委会通过的系列刑法修正案对刑法分则的补充和修改而带来的罪名认定问题
1997年10月1日刑法正式实施后，针对司法实践中出现的一些新问题，以及刑法本身存在的一些不完善之处，全国人大常委会先后通过了几部单行刑事法律，对刑法分则有关条文和罪名作了一些修改和补充。这些单行刑事法律是：《全国人大常委会关于惩治骗购外汇、逃汇和非法买卖外汇犯罪的决定》；《全国人民代表大会常务委员会关于取缔邪教组织、防范和惩治邪教活动的决定》；《中华人民共和国刑法修正案》；《全国人民代表大会常务委员会关于维护互联网安全的决定》；《中华人民共和国刑法修正案（二）》；《中华人民共和国刑法修正案（三）》。在全国人大常委会通过的这些单行刑事法律中，对刑法分则的有关条文做了修改：其中增加了一些新条款，修改了一些原有条款，取消了个别条款。由于立法机关对刑法分则条文作了修改，必然带来对原有罪名的变更，以及适用法律上的疑难问题。
例如：1997年刑法第168条规定：“国有公司、企业直接负责的主管人员，徇私舞弊，造成国有公司、企业破产或者严重亏损，致使国家利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役。”
1999年12月《中华人民共和国刑法修正案》将其修改为：“国有公司、企业的工作人员，由于严重不负责任或者滥用职权，造成国有公司、企业破产或者严重损失，致使国家利益遭受重大损失的，处三年以下有期徒刑或者拘役；致使国家利益遭受特别重大损失的，处三年以上七年以下有期徒刑。
“国有事业单位的工作人员有前款行为，致使国家利益遭受重大损失的，依照前款的规定处罚。
“国有公司、企业、事业单位的工作人员，徇私舞弊，犯前两款罪的，依照第一款的规定从重处罚。”
最高人民法院、最高人民检察院对1997年刑法第168条的罪名认定为徇私舞弊造成破产、亏损罪，其主体仅限国有公司、企业工作人员，主观方面也仅限故意。《刑法修正案》修改后的条文将犯罪主体扩大到国有事业单位的工作人员，主观方面也从故意扩大到过失。因此，根据修改后的条文，国有事业单位的工作人员严重不负责任或者滥用职权，致使国家利益遭受重大损失的，同样构成犯罪。
但随之产生的问题是：1997年两高公布的司法解释中没有这个罪名，检察机关从现有罪名中找不到合适的罪名起诉，审判机关也无法从现有罪名中选择合适的罪名定罪。任何一个省级以下检察机关或审判机关都无权自己创造出一个罪名来起诉、定罪。因此，尽管立法机关已对刑法分则第168条进行了修改，但由于两高未能及时对新增加的罪名作出法定解释，司法实际部门对修改后的刑法分则条文仍然不能适用。
再如：2001年12月18日，上海市第二中级人民法院公开审理了肖永灵投寄虚假炭疽杆菌邮件，以危险方法危害公共安全案。被告人肖永灵（男、27岁），上海市金山区东泾镇人，曾在1995年7月因犯盗窃罪判处有期徒刑1年6个月。2001年10月18日，肖永灵将两封装有虚假炭疽杆菌的邮件，分别投寄到上海市有关部门及新闻单位。法院审理后认为，肖永灵故意制造恐怖气氛，危害社会稳定，已构成以危险方法危害公共安全罪，且系原犯盗窃罪在刑罚执行完毕后5年之内再次犯罪，系累犯，依法应当从重处罚。为惩治和防范恐怖犯罪活动，保障国家安全、社会公共安全和公民人身财产安全，维护社会稳定，依照刑法第114条和第65条第1款的规定，判决肖永灵犯以危险方法危害公共安全罪，判处有期徒刑4年。判决作出后，肖永灵不服判决，提出上诉。[6]