该专项2002年立项。到2005年，共创建了含有27万个独立转化子的T—DNA插入大型突变体库。按每个转化子两个转基因计，水稻所有基因均被标签的概率接近99%，为利用反向遗传学策略大规模分离功能基因提供了材料；建立了水稻基因组表达谱分析平台，研制了全生育期cDNA芯片、全基因组寡聚核苷酸芯片、覆瓦式阵列芯片、第4号染色体特异芯片等各具特色的多套芯片，用它们取得了水稻主要生育期及干旱、低氮、低磷胁迫条件下基因表达的大量数据，利用这些数据开始了新基因发掘和表达调控代谢网络的研究；分析了近3万条籼稻全长cDNA；建立了数据库和相应的生物信息分析技术，基本实现了信息与材料国内外专家共享。

    针对我国水稻品种改良需要，该项目克隆出功能基本明确且具有潜在应用价值的新基因107个，其中18个基因对产量、品质、抗病、抗逆、营养高效等主要性状改良有重大应用前景。项目还发现和鉴定新基因与调控元件1100多个。它们将有助于根本上扭转我国作物生物技术依赖引进国外基因的局面。

    该项目已申请专利79项，在《自然》、《科学》、《植物遗传学》、《植物细胞》发表论文10余篇，其它国际重要杂志发表论文130余篇。