“太平岛”名称的由来有一段来历。1946年，当时的中华民国政府在抗战胜利后收回南沙群岛主权时，海军上校姚汝钰率“太平舰”、“中业舰”等四艘军舰在该岛重立碑牌，并以接收舰队的“太平舰”命名。1950年国民党军队被赶海南岛，设立在那儿的海军“南沙管理处”部队乘“中胜舰”把太平岛上的人员物资装备撤回左营。菲律宾民众则进入太平岛及其它诸岛大肆盗采磷矿。

1956年6月6日，蒋介石政权先派“立威支队”开赴当地驱离菲国军民，7月11日再派“威远支队”和陆战队重返太平岛戍守，组建“南沙守备区”，派一营海军陆战队在该岛担任守备。为进一步强化“主权”宣示，1990年台湾“内政部”登岛设立“南疆锁钥国界碑”。

同年，台“行政院”指示高雄市政府成立管理委员会，接管太平岛，并设立了编号为819的 邮政编码。1992年台“内政部”增设南沙群岛“收复照壁”，以证明南沙群岛历史上是中国领土。

1999年，当时的“国防部长”唐飞宣布从太平岛撤军，改由海巡部队接防，2000年具有海上警察性质的“海巡署”成立后，专门设置“南巡局南沙指挥部”，在岛上派出百余名海巡人员。台海军气象中心在太平岛设立南沙气象站，有5名官兵。

台军内部对太平岛的驻军意见一直有很大分歧。据台湾媒体报道，台军方内部进行的有关太平岛战力评估报告指出，太平岛在军事上有以下问题：一是地形不适合防守作战：虽然太平岛在南沙群岛中最大，但地形平坦易攻难守。二是气候不好：地处热带，咸、湿度高，武器部件极易故障，不适合部署导弹等精密武器。三是物资运补能力差：太平岛属于珊瑚礁区，一般舰艇无法靠泊，需使用两栖人员运输车进行运补，补给量小又费时。考虑到太平岛距离本岛太远，台湾控制该太平岛也无法确保控制南海水道，而如果遭到攻击更难以有效救援，但为了强调拥有“主权”又必须固守，台军一度评估该岛在战略上是一块“鸡肋”，“食之无味、弃之可惜”。

近几年来，台军对是否要重新驻军太平岛的出发点逐步转到大陆身上。主张撤军者强调，两岸都没有在太平岛进行兵力投射的能力，都无法掌握该地区制空权，即使解放军攻下也一样守不住，如果重新驻军恐怕也会引发周边国家议论。而且太平岛也不属于美日协防台湾的范围，东南亚国家与大陆关系良好，万一两岸在太平岛发生冲突，国际局势不一定对台有利，届时如何处理岛上人员会相当棘手。

“重新驻军”派却声称，“攻敌不守”是胜负的关键，尽管军事上无法固守，但可以通过政治手段解决，而支撑时间越久等待国际声援的机会就越大，因此必须恢复驻军。